Sebelum menjadi cabang tersendiri, teman-teman sudah mengadakan pertemuan rutin bersama keluarga disertai acara arisan ibu-ibu. Pertemuan rutin ini diselenggarakan dirumah masing-masing anggota atau di rumah makan/hotel yang ada disekitar Karesidenan Banyumas. Sedangkan status organisasi masih menjadi kordinator wilayah dibawah PAPDI Cabang Semarang. Pada saat itu kepengurusan/Ketua dipilih secara bergilir mulai dari yang paling senior.
Sehubungan dengan bertambahnya anggota baru dan berdirinya FKIK Universitas Jenderal Soedirman, teman-teman yang dimotori Dr.dr. I Gede Arinton, Sp.PD-KGEH mengusulkan agar Purwokerto menjadi cabang tersendiri lepas dari PAPDI cabang Semarang. Setelah melalui lobi dan rapat baik dengan teman di Karesidenan Banyumas maupun dengan teman-teman PAPDI cabang Semarang, maka dapat terwujudlah cita-cita untuk menjadi cabang tersendiri yang oleh PB PAPDI diusulkan dengan nama PAPDI cabang Purwokerto
Pada tahun 2005, Pengurus PAPDI cabang Purwokerto telah menghadiri KONKER PAPDI di Banjarmasin dan tahun 2006 mengikuti KOPAPDI XIII di Palembang tanggal 5-9 Juli 2006 sebagai utusan cabang secara penuh.
Bulan Juli 2008 mengirim utusan ke KONKER PAPDI di Padang dan November 2009 mengutus 5 anggota untuk mengikuti KOPAPDI XIV di Jakarta.
Kepengurusan PAPDI cabang Purwokerto sampai saat ini sudah berganti 3 kali dikarenakan sudah berakhir masa jabatannya.
Periode 2006 - 2009 diketuai oleh dr. Haidar Alatas Sp.PD
Periode 2009 - 2012 diketuai oleh Dr.dr. I Gede Arinton, Sp.PD-KGEH
Dan kepengurusan yang baru terbentuk untuk periode 2012 - 2015 diketuai oleh dr. Pugud Samodro, Sp.PD.
PAPDI cabang Purwokerto sekarang semakin berkembang yang ditandai dengan semakin bertambahnya anggota menjadi 27 orang dan pertemuan anggota serta kegiatan ilmiah yang diadakan rutin setiap bulan.